Shaolan, fils adoptif de Fujitaka, un archéologue, fait des fouilles dans le désertique pays de Clow, où il découvre des vestiges mystérieux. Mais lorsque son amie d'enfance, dont il est amoureux, Sakura, princesse du royaume, s'en approche, elle semble aspirée par une forte puissance magique. Shaolan la retient, mais les souvenirs et l'âme de Sakura s'envolent, dispersés à travers les dimensions, sous forme de plumes.

Yukito, grand prêtre du royaume, transporte alors Shaolan et Sakura dans une autre dimension où vit Yūko, la sorcière des dimensions capable d'exaucer n'importe quel vœu. Prêt à tout pour sauver Sakura, dont le corps sans mémoire ne survivra pas longtemps, Shaolan accepte le prix à payer, imposé par Yūko : il pourra récupérer tous les souvenirs de son amie mais leur rencontre et tout ce qu'ils ont vécu ensemble disparaîtra de la mémoire de Sakura à son réveil.

Aidé par Kurogane, ninja envoyé par la princesse Tomoyo afin de canaliser ses pulsions meurtrières, Fye, qui fuit son Monde d'origine, et Mokona Modoki, une « boule de poil blanche » (proche du marshmallow ou du manjuu) qui leur permet de contacter Yūko en cas de problème et de se déplacer à travers les dimensions, Shaolan va se mettre en quête des souvenirs de Sakura.

Mais ceux-ci renferment une immense puissance qui attire de nombreuses convoitises…

• 

   

   

  La princesse Sakura : Sakura est la princesse du monde de Clow où son frère, Tōya, est roi. Elle est aussi très appréciée de son peuple et a apparemment bonne influence sur celui-ci. L'histoire de Tsubasa Chronicle ne commence que lorsque la mémoire de Sakura se transforme en une paire d'ailes faite de plumes qui se dispersent à travers les dimensions. On apprend que ce n'est pas la vraie Sakura mais un clone mais contrairement à Shaolan

  le corps de la princesse n'a pas pu résister et elle est donc unique en son genre.

• 

   

   

   

• Shaolan : Archéologue aux tendances chevaleresques quand Sakura semble en danger. Il a été adopté par Fujitaka, qui lui a fait aimer l'archéologie (étant archéologue lui-même), mais ses parents biologiques sont inconnus. Fujitaka est décédé avant le commencement du 1^er tome. Shaolan et Sakura sont de très bons amis d'enfance et sont amoureux l'un de l'autre. Shaolan était présent lorsque les fragments de la mémoire de Sakura se sont dispersés. Voulant aider Sakura à tout prix, le prêtre Yukito l'envoya chez la Sorcière des dimensions (Yuko) pour que celle-ci lui donne le moyen de la sauver. En contrepartie, le prix à payer fut son lien avec Sakura, la chose la plus chère à ses yeux. On apprendra au fil des épisodes qu'en fait Shaolan n'est pas le vrai mais une copie fait par Fei Wang Reed. Il fut abandonné dans la rue et c'est son premier souvenir. L'œil droit du héros est artificiel et il permet à Fei Wang Reed de voir toutes les aventures des amis; quant à l'œil gauche, il vient du vrai Shaolan et a servi pour le créer tout entier et recèle la parcelle d'âme qui lui fût donné par le véritable Shaolan. Le véritable Shaolan est en état de léthargie forcée et prisonnier de Fei Wang Reed mais se libèrera vers la fin du 1^er OAV.

• 

  Yui (Fye) D. Flowright : Magicien venu du lointain pays de Celès, un monde de glace. Son sourire est aussi mystérieux que son passé mais on sait qu'il a eu un frère jumeau. Il cède à Yūko son tatouage montrant qu'il est un mage pour pouvoir voyager à travers les dimensions. Comme il a un nom à rallonge, il se fait appeler Fye. Il fuit son propre monde, après avoir plongé le roi Ashura dans un profond sommeil et l'avoir enfermé sous l'eau. Il est le créateur de Tchii et a chargé celle-ci de le prévenir au réveil du roi. Il acceptera d'aider Shaolan dans sa « quête ». On dit qu'il est né le 2 avril, un jour après Watanuki, de xxxHOLiC.

• 

   

  Kurogané : Guerrier venu d'un Japon féodal, il grogne plus qu'il ne mord. Il cède à Yūko son sabre : Dragon d'Argent. Il protège lui aussi une princesse : Tomoyo, son seul et unique maître. Malgré cela, Tomoyo envoie Kurogane chez Yūko pour qu'il apprenne ce qu'est la vraie force et qu'il cesse de tuer sans raison. Avant qu'il ne disparaisse, Tomoyo lui lance un sort qui a pour but de réduire sa force de moitié s'il tue quelqu'un sans raison valable. Il finira aussi par aider Shaolan, au début seulement pour retrouver son monde plus rapidement, puis il se prendra d'affection pour le jeune garçon; il lui apprendra même à manier le sabre. Il est continuellement en dispute avec Fye et Mokona.

• 

   

   

   

  Mokona : Mokona Modoki est une petite bête touchante, attachante, drôle, qui sert de traducteur/interprète instantané pour les héros (qui parlent différentes langues puisqu'ils viennent de mondes différents). Il est aussi le seul à pouvoir changer de dimension et à décider du moment du départ. Il existe aussi un « autre » Mokona (de couleur noire) qui est resté avec Yūko, il permet de communiquer avec le Mokona blanc. On peut se servir des Mokona pour se faire passer des objets d'un monde à l'autre ce qui est très pratique. Selon Mokona, il aurait 108 techniques secrètes, dont l'aspiration d'objet, le changement de voix, jouer la comédie et se faufiler partout.